Cita: No se si el error lo produce la propia webservice al ser requerida por mas de un usuario, o es debido a el tratamiento de los datos al realizar la SELECT en la base de datos.
Por lo pronto, MySQL no se comunica por medio de un webservice, sino que el webservice canaliza las peticiones que se envían al servidor de MySQL. No es exactamente lo mismo.
MySQL está encapsulado, y su punto de entrada es un servicio que corre en el mismo servidor al que el webservice accede, y no se comunica directamente con el WS.
Con eso quiero expresar que cualquier problema que afecte al senservice, que corre sobre un Web Server, no implica que tenga relación con BBDD, ni con MySQL. El 99,99 de los problemas que aparecen en ese contexto tienen que ver con la latencia de red, los recursos del Web Server, y errores de diseño para alta concurrencia.
Ahora bien, hay dos niveles de problemas posibles: Por un lado ess altamente probable que el servicio web que usas no esté capacitado para manejar alta concurrencia, y eso sólo se puede resolver a nivel de administración web y programación. Puntalmente eso no es tema de este foro y te recomiendo postear la duda específica en el foro de Web Servers.
A nivel de bases de datos, la alta concurrencia, aún con consultas, también presenta un problema, y por lo que describes te estás topando con uno de los inconvenientes por los cuales siempre recomendamos enfáticamente
no almacenar archivos en las tablas, sino sus rutas y los archivos en el servidor web.
Al poner los archivos en la tabla, de la forma que sea, estás saturando el buffer de consultas, y se recarga desde el momento en que N usuarios hacen lo mismo.
Los datos que componen el archivo almacenado en un campo ocupan muchísimo espacio, por pequeño que sea el archivo, porque la base de datos lo manda al buffer antes de transferirlo al web service. Al hacer eso con N usuarios simultáneos, el buffer de consultas se satura rápido y el sistema se ralentiza.
En cambio, cuando sólo almacenas la ruta y el nombre del archivo, aunque se requieran dos peticiones, la segunda (al Web Server, es mucho más rápida ya que se trata de una petición de descarga de un archivo, y no de una masa de datos de la BBDD. Y los Web Server están optimizados para ese tipo de tareas.
Lo más recomendable sería un rediseño de la lógica y extirpar los archivos de las tablas, poniéndolos en una carpeta privada del sitio.
Opcionalmente, también sería bueno aumentar el buffer de consultas (configuración del servidor MySQL), pero eso dependerá de si el servidor es dedicado o compartido. Solo los DBA pueden hacer eso.
Yo encararía una modificación de toda la lógica del caso para hacer algo más eficiente.
Interferencias en consultas a MySql a traves WEBSERVICE 
