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Quisiera que por me dijeran si existe algún problema con el uso de LOAD DATA cuando el tipo de tablas de mysql es INNODB?
He intentado el uso de esta instrucción y me da error.

Deberías indicar el error para ver que pasa. Talvez, es sólo una suposición, debas indicar que no tome en cuenta o desactive el control de integridad referencial, algo como:

/*!40014 SET @OLD_FOREIGN_KEY_CHECKS=@@FOREIGN_KEY_CHECKS, FOREIGN_KEY_CHECKS=0 */;

Este es el error que me da:

The used command is not allowed with this MySQL version

pero la version de Mysql que uso es 5.0.16

Hay alguna instrucción que haga lo mismo que LOAD DATA?

El programa mysqlimport, desde la linea de comandos del sistema operativo.

Hola, ya corregí el problema era un error con el [local] y con la ubicación del archivo no era por el INNODB, Gracias de todas maneras.