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Tengo una curiosidad que quisiera preguntarles.

Tarda lo mismo una consulta sobre miles de filas con campos vacios que con campos NULL?

Saludos!

Puede tardar más por un problema de optimización, ya que MySQL no sabe cómo optimizar consultas basadas en NULL porque los algoritmos que tiene no son muy eficientes para resolver el caso.
En cambio, la consulta sobre campos vacíos es más simple de resolver.
Adicionalmente, es siempre mejor y más eficiente realizar la consulta sobre campos de alta selectividad, que sobre una inmensa cantidad de campos que no contienen dato alguno. Con alta selectividad, se pretende decir que contiene índices densos (p.e. de claves primarias) o con una acotada cantidad de repeticiones (indices hash). Siempre definir qué es lo que buscamos es mejor que descartar lo que no buscamos.