Certificado SSL para Server Ubuntu Server 12.04

[valago]

Hola, necesito que alguien que sepa mas sobre la materia me guíe un poco ya que ando un poco perdido, he contratado un certificado SSL a través de geotrust, y me han mandado un certificado con un INTERMEDIATE CA.

Mi problema viene al instalarlo en el servidor, ya que no quiero cargarme nada. He estado leyendo unas buenas guías de instalación que he encontrado, pero aún así me surgen unas dudas en cuanto al procedimiento.

Como por ejemplo:
A la hora de crear las llaves,

Código linux:

sudo openssl genrsa -des3 -out server.key 1024
 

Para crear el certificado :

Código linux:

sudo openssl req -new -key server.key -out server.csr
 

Código linux:

sudo openssl x509 -req -days 365 -in server.csr -signkey server.key -out server.crt
 

Es estos dos pasos donde está mi duda, como generar el certificado. donde tengo que usar el certificado que he contratado.

Perdonen mi ignorancia, pero es la primera vez que intento instalar un certificado, y ando un poco perdido. He estado leyendo muchos tutoriales e información, pero no lo tengo claro.

Espero puedan guiarme, Un saludo y gracias de antemano.