Código PHP:
foreach ($_POST['prefacturas_operario_facturas'] as $prefacturas_operario_facturas){
mysql_query("UPDATE facturas SET estado='F',fecha_facturacion='$fecha' WHERE id_factura='$id_factura'") or die (mysql_error());
echo "Pasa por aqui";
list($id_factura,$numero) = explode("|", $prefacturas_operario_facturas);
En el mysql_query() usas $id_factura, pero parece que ese dato lo obtienes en la linea siguiente con el explode. Si no has calculado antes el valor de $id_factura, en el mysql_query() sera una cadena vacia, que no correspondera a ningun registro y por eso no actualiza ningun registro.