Hola, la idea es que en tu tabla de usuarios tengas un campo de validacion booleano que cuando el usuario se registre se guarde como 0 y en el email que le pasas, va una ruta que tu decides ejemplo:
www.tuweb.com/usuarios/validacion/?target=1
Donde target es el id de ese usuario registrado y en esa página que levantas con este link harías el update del campo de validación a 1.
En los casos que vez URL con muchos caracteres es porque normalmente se construyen URL donde cualquier usuario no pueda llegar navegando y los parametros que se pasan en ella estan encriptados con MD5 o base64_encode ... existen otras formas.
Cualquier cosa, vuelve a postear.
Saludos,