Si vas a hacer algo similar a este foro, puedes hacerlo en esta logica. Primero creamos una tabla que tenga
Tabla
comentario Cita: ID, comentario, ID_subcomentario
La parte de ID_subcomentario va a ser el ID del comentario principal. Si es el mismo comentario solo tienes que colocar un NULL. Luego creas una segunda tabla
Tabla
visita Cita: ID, usuario, ID_comentario
Ahi vas a almacenar todos los comentarios que han visitado. Si el último ID_comentario de la tabla de
visita, no es igual al ultimo ID de la tabla de
comentario (claro esta, tienes que verificar si tiene subcomentarios para poder obtener el ultimo ID), entonces lo marcas como no leido.