Bueno .. pues si tienes todos esos datos .. abre una tabla de Mysql y le haces el INSERT correspondiete .. El único detelle es al hacer tu consulta a tu BD para "entregar" el archivo .pdf (o formato que sea) al navegador .. ahí previmaente te guardas el "type" del archivo que no es mas q el formato MIME del mismo para usarlo cuando lo entregues al navegador en cabeceras header("content-type: $row['tu_type_archivo']")
Un ejemplo:
http://www.phpbuilder.com/columns/william19990908.php3
(Está orientado a imagenes .. pero la técnica es la misma... Ahí usa exec() para copiar el archivo a su destino definitivo .. usa lo que estes usando tu .. ya sea copy() o move_uploaded_file() .. por lo demas es igual ..)
Un saludo,