No es un problema de código, más bien es conceptual.
Una posible estructura sería:
selecciono el usuario en cuestión.
selecciono las notificaciones de ese usuario (tabla amigos)
miro el numero de notificaciones que tiene (mysql_nums_rows)
recorro con todas las notificaciones (while($var=mysql_fetch_array){)
realizo las acciones para cada notificación
(})