Puedes usar alias para obtener tu fecha (la que has formateado con DATE_FORMAT() ..) para usarlo como si de otro campo cualquiera de tu BD se tratase y así usar el tìpico "row['nombre']
Código PHP:
$query = mysql_query("SELECT DATE_FORMAT(fechaderegistro,'%H:%i:%s') as tu_fecha FROM tabla");
A todo esto .. las llamadas a campos de tu BD no se usan ' comillas ' ... ya que sino serían interpretados como cadenas (strings).
Código PHP:
$row=mysql_fetch_array($query);
// así accedes por el nombre del alias creado al resultado de aplicar tu función ..
echo $row['tu_fecha'];
Esto no lo entendí:
Cita: siempre me devuelve AM si es de dia y PM si es de noche y no es eso lo que yo quiero.
Entonces? .... que es lo que quieres. Ten encuenta que tu campo de fecha (fechaderegistro) debe ser un campo tipo DATETIME o TIME (depende si quieres guardar fecha y hora, que puedes hacerlo en un sólo campo .. o sólo la hora completa ..)
Un saludo,