He echo caso de vuestro consejo y he consultado a swissprot:
http://us.expasy.org/sprot/
Me han dicho que se pueden capturar los datos y cambiar la forma de mostrarlos, de hecho tienen una ftp en la que se pueden descargar toda la base de datos en formato xml y fasta, lo que pasa es que aun así no se como utilizar estos datos
Muchas gracias pos vuestra ayuda