En principio PEAR es un conjunto de classes para PHP .. algunas podrían funcionar de forma independiente .. pero la mayoría (y de eso se trata "PEAR") tienen dependencias, heredan .. etc métodos/classes de otras classes de PEAR.
La configuración de PHP se refiere al directorio de "includes" por defecto para que PEAR pueda hacer referencia a una classe sin tener que indicar ruta absoluta.
De todas formas .. PEAR en su manual describe como configurarlo para usar PEAR en servicios de hosting compartido donde no puedes acceder a esa configuración (de php.ini ...):
http://pear.php.net/manual/en/installation.shared.php
Un saludo,