La linea que muestra esos 2 cuadraditos que vienen con Ads en ese Theme, parece ser la 67
 
 <?php include('ads/ads-bottom.php'); ?> 
Allí habría que poner el codigo. Lo que pasa que no veo que Kadom diga, pegue este código donde quiera que aparezca el plugin. 
Osea, en realidad lo estoy probando y en WP 3.0 siquiera me aparece como Widget. 
Si te dá un código, deberías ponerlo en lugar de la linea 67, a los sumo lo encierras dentro de un <div><p>aca</p></div>  
Ahhhh ya lo vi, cuando creas un Ad te dice, ¿Cómo widget u obtener código? 
En mi caso me dió este 
<?php display_kd_ads(1, 1, 5, '', true, false); ?> 
eso pondrías en la linea 67 
Esto explica lo que hace el código    
Código Apache:
Ver original- Usage : display_kd_ads( $id, $nb_columns, $margin, $url_image, $show_empty, $advertise_here); 
-   
-     * $id : the ad zone ID. 
-     * $nb_columns : Number of columns banners in the ad zone ID 
-     * $margin : the margin (in pixels) around each banner (put 5 if you want a space of 10px between the ads). 
-     * $url_image : the url of custom image for empty post. (work correctly if empty and $show_empty=true. 
-     * $show_empty : (true or false) do you want show the empty ad in the ad zone. 
-     * $advertise_here : (true or false) do you want show the 'Advertise Here' link at the bottom of the Ad Zone