Buenas; he probado tu scrpit y me queda así 
 Código PHP:
    <script type="text/javascript">
var tmp="";
 
setInterval(function actualiza()
{
    ajax=nuevoAjax();
    ajax.open("GET", "consulta_comentario.php?var1="+var1+"var2="+var2); // En ajax_select_db debes hacer el SELECT al query
 
    ajax.onreadystatechange=function() 
    {
        if (ajax.readyState==4) 
        {
            // Si el valor devuelto por AJAX no es el mismo que tenemos en TMP entonces lo muestra, si no, almacena el contenido en TMP para una siguiente revision cada X tiempo (X lo define el Setinterval... no disminuyas mucho el tiempo para no saturar la BD.
            if(!(ajax.responseText==$tmp)
            {
                 document.getElementById("mainContent").innerHTML = ajax.responseText;
            } else {
                 $tmp=ajax.responseText;
        }
    }
    ajax.send(null)
,1000);
</script> 
   
  Luego he creado la pagina "consulta_comantario" y este es el codigo 
 Código PHP:
    <?php require_once('../../Connections/deume.php'); ?>
<?php
if (!function_exists("GetSQLValueString")) {
function GetSQLValueString($theValue, $theType, $theDefinedValue = "", $theNotDefinedValue = "") 
{
  if (PHP_VERSION < 6) {
    $theValue = get_magic_quotes_gpc() ? stripslashes($theValue) : $theValue;
  }
  $theValue = function_exists("mysql_real_escape_string") ? mysql_real_escape_string($theValue) : mysql_escape_string($theValue);
  switch ($theType) {
    case "text":
      $theValue = ($theValue != "") ? "'" . $theValue . "'" : "NULL";
      break;    
    case "long":
    case "int":
      $theValue = ($theValue != "") ? intval($theValue) : "NULL";
      break;
    case "double":
      $theValue = ($theValue != "") ? doubleval($theValue) : "NULL";
      break;
    case "date":
      $theValue = ($theValue != "") ? "'" . $theValue . "'" : "NULL";
      break;
    case "defined":
      $theValue = ($theValue != "") ? $theDefinedValue : $theNotDefinedValue;
      break;
  }
  return $theValue;
}
}
$colname_comentarios = "-1";
if (isset($_GET['var1'])) {
  $colname_comentarios = $_GET['var1'];
}
mysql_select_db($database_deume, $deume);
$query_comentarios = sprintf("SELECT id_comentarios FROM comentarios WHERE id_comentarios = %s ORDER BY id_comentarios DESC", GetSQLValueString($colname_comentarios, "int"));
$comentarios = mysql_query($query_comentarios, $deume) or die(mysql_error());
$row_comentarios = mysql_fetch_assoc($comentarios);
$totalRows_comentarios = mysql_num_rows($comentarios);
?>
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<title>Documento sin título</title>
</head>
<body>
<?php echo $row_comentarios['id_comentarios']; ?>
</body>
</html>
<?php
mysql_free_result($comentarios);
?>    
   Pero no me actualiza el DIV "mainContent".
Pero tengo una duda... En la pagina "consulta_comentario" le he puesto que filtre por URL la variable "var1" lo que no se si esta bien echo así.
Un saludo