Bueno yo por mi parte te podría ayudar de la siguiente manera:
 
1 - Si el código lo estás llamando desde un <script src="mi_codigo.js"></script> se puede hacer algo que es transformarlo y evitar que se quede en cache. 
- Convierte el archivo de tus scripts por ejemplo a .php y vas a ver el código en lineas de diferente color (pero no te asustes) y cólocale este código en la parte superior:  
 Código PHP:
    <?
header("Expires: Mon, 26 Jul 1997 05:00:00 GMT"); // Expira en fecha pasada
header("Last-Modified: " . gmdate("D, d M Y H:i:s") . " GMT"); // Siempre página modificada
header("Cache-Control: no-cache, must-revalidate"); // HTTP/1.1
header("Pragma: no-cache"); // HTTP/1.0
header("Content-Type: text/livescript");
?>    
  Lo guardas y cuando entres a tu navegador (si usas IE) aparecerá un mensaje indicando que no se puede bajar. 
2 - No hay más formas de protegerlo