Código HTML:
 <input type="button" value="Apagar" id="btnApagar" onclick="new Effect.Opacity('btnApagar', {from: 1, to: 0, duration: 2})"  /> 
Código:
  
algo asi ya he probado varios pero mientras esten separados en dos documentos diferentes no me funciona, obviamente he generado el boton en html con las mismas propiedades y he agregado las bibliotecas necesarias esto solo me ocurre con los botones ya que si le pongo la propiedad a una etiqueta Esto va en mi js 
window.onload(){
$("btnApagar").href="javascript:btn()";
}
function btn(){
    new Effect.Opacity($("btnApagar"), {from: 1, to: 0, duration: 2});//
    new Effect.Fold($("btnApagar"));
}
Código HTML:
 <a></a>
 
 
 

