Hola, Garraxxi, y bienvenido al foro.
 
Al igual que la propiedad "src", existe la propiedad "useMap" 
Si defines los dos mapas, puedes alternar el uso de uno u otro. Por ejemplo:  
 Código HTML:
 <img name="imagen" src="mi-imagen.gif" width="100" height="50" border="0" usemap="#Mapa1">
<a href="#" onClick="imagen.useMap='#Mapa1'">Cambiar a mapa superior</a>
<a href="#" onClick="imagen.useMap='#Mapa2'">Cambiar a mapa inferior</a>
<map name="Mapa1" id="Mapa1">
  <area shape="rect" coords="1,1,50,25" href="javascript:alert('Zona Sup.Iz.')">
  <area shape="rect" coords="51,1,99,25" href="javascript:alert('Zona Sup.Der.')">
</map>
<map name="Mapa2" id="Mapa2">
  <area shape="rect" coords="1,26,50,50" href="javascript:alert('Zona Inf.Iz.')">
  <area shape="rect" coords="51,26,99,50" href="javascript:alert('Zona Inf.Der.')">
</map>