ALguien por favor sabe

Esto porq tengo un site desarrollado en ASP, pero queremos montar una intranet, la cual estaria desarrollada en ASP pero al actualizar la base de datos de la intranet con el de la web tenemos los siguientes problemas:
Hay informacion nueva en la bd de la intranet que no tiene la bd del servidor web.
Hay informacion del web que no tiene la intranet.
La base de datos es muy grande y se demora mucho en subir.
Por favor si alguien tiene idea me podria ayudar?

Tobo