Creo que he expuesto mal mi problema (sorry), ya que considero que el asunto es puramente de javascript... Lo de la llamada desde flash no tiene importancia, ya que esta se realiza correctamente...
 
Cuando usaba 
Lightbox 2.0 tenia insertado un script desde el html para ejecutar externamente funciones del lightbox.js.  
 Código HTML:
 <script type="text/javascript">
function LightboxDelegate(url,caption) {
var objLink = document.createElement('a');
objLink.setAttribute('href',url);
objLink.setAttribute('rel','lightbox');
objLink.setAttribute('title',caption);
Lightbox.prototype.start(objLink);
}
</script>  Asi, solo faltaba llamar a 
LightboxDelegate  desde el flash (que ya lo hacia correctamente). 
El problema es que ahora lo estoy intentando hacer con 
LightWindow 2.0 (
http://stickmanlabs.com/lightwindow/#download) para poder ejecutar swf, pero no estoy seguro de como modificar la funcion 
LightboxDelegate para que se adapte a LightWindow... 
Podeis bajaros los scripts de LightWindow 2.0 aqui: 
http://stickmanlabs.com/lightwindow/lightwindow.zip 
Muchas gracias!