al .html que contiene el flash:
 
Código:
 <script>
function nueva_win(wad,wnam,ww,wh) {
    lncw = window.open(wad,wnam,"location=no, 
menubar=no,toolbar=no,scrollbars=no,status=yes,width="+ww+",height="+wh);
    lncw.focus();
    void(0);   
}
</script>
  al boton que tira la ventana desde flash: 
Código:
 on(release){
getURL("javascript:nueva_win('pagina.htm','variablepag',640,480)");}
  tonces... el java tiene abiertas las variables para que se las mandes desde flash