Perdona mi ignorancia, pero no se mucho sobre php.
 
Supongamos que el rotamiento de los banners lo quiero meter en una div, y que los códigos de Adsense son: 
Código:
 <script type="text/javascript"><!--
google_ad_client = "ca-pub-111111111111111";
/* Prueba */
google_ad_slot = "111111111";
google_ad_width = 728;
google_ad_height = 90;
//-->
</script>
<script type="text/javascript"
src="http://pagead2.googlesyndication.com/pagead/show_ads.js">
</script>
  y 
Código:
 <script type="text/javascript"><!--
google_ad_client = "ca-pub-0000000000000";
/* Prueba */
google_ad_slot = "0000000000";
google_ad_width = 728;
google_ad_height = 90;
//-->
</script>
<script type="text/javascript"
src="http://pagead2.googlesyndication.com/pagead/show_ads.js">
</script>
  ¿Como debería terminar la cosa? 
Muchas gracias por tu ayuda