Te doy un ejemplo que tengo:
   Código PHP:
    echo "<script>\n";
    echo "var subrub = new Array\n";
    echo "var subrubros_val = new Array\n";
    
    $query = "SELECT id FROM rubros ORDER BY nombre" ;
    $getRubros = hyt_query($query);
    $cantRubros = hyt_numrows($getRubros);
    
    echo "subrub[0] = ['Sub-Actividad']\n";
    echo "subrubros_val[0] = ['']\n";
 
    for($i=1; $i<$cantRubros; $i++){
 
        $query = "SELECT * FROM subrubros WHERE id_rubro = ".mysql_result($getRubros, ($i-1), 0);
//        $query = "SELECT * FROM subrubros WHERE id_rubro = ".mysql_result($getRubros, ($i-1), 0) . " ORDER BY nombre";
        $getSubrubros = hyt_query($query);    
        $txt = "";
        $txt_val = "";
        while($rs = hyt_fetch_array($getSubrubros)){
            $txt = $txt. ",'". $rs['nombre']."'";
            $txt_val = $txt_val . ",'". $rs['id']."'";
        }
        echo "subrub[$i] = ['Sub-Actividad'".$txt."]\n";
        echo "subrubros_val[$i] = [''".$txt_val."]\n";
    }
    echo "</script>\n";