PHP OO Comparar tablas - preguntas y respuestas con contadores

[AuralRecs]

Hola que tal buenas noches... Mi nombre es Aural Soy estudiante de la ingenieria en TIC´S de ultimo semestre y estoy por titularme... Actualmente desarrollo un sistema de registro y evaluacion de alumnos de nuevo ingreso (examen de admision).. ya cree la parte logica de registro en base de datos, inicio de sesion (login), etc... con sus respectivas tablas... pero en la parte del examen es donde se me complica un poco, pues tengo dos tablas. 1.-Preguntas y 2.-Respuestas.
la tabla de preguntastiene una estructura asi:

• id
• pregunta ---- (la pregunta que se hará)
• respuesta1---(Radio A)
• respuesta2 ---(Radio B)
• respuesta3 ---(Radio C)
• respuesta4 ---(Radio D)
• respuesta correcta ---(respuesta)
• categorias ( donde se manejaran: 1Matematicas, 2Historia, 3Algebra, 4Geografia)
• puntos (valor de cada pregunta)

la tabla de respuestas tiene una estructura asi:

• id
  id_respuesta
  id_preguntarespuesta1
  id_usuario
  id_categoria

1.- Quiero relacionar estas dos tablas mediante codigo PHP a manera que se vayan evaluando los id de las preguntas con la respuesta correcta y la elegida por el usuario mediante contadores y condicionales.
2.- Quisiera saber como puedo obtener primeramente las preguntas de una categoria, por ejemplo: "matematicas" y al finalizar las preguntas de esa categoria continue con la siguiente categoria y sus preguntas, por ejemplo: "historia".
3.- Al finalizar el examen Guardar el puntaje obtenido en el campo "puntaje" de la tabla de registros llamada "usuarios".
4.- Conocer las preguntas contestadas correctamente, las no contestadas y las contestadas erroneamente...

• ¿ALGUNA IDEA?

AGRADEZCO MUCHO A LOS QUE ME PUEDAN LEER, ESPERO PUEDAN AYUDARME...

[xerifandtomas]

Yo haría 4 tablas más o menos así:

Tabla usuarios
Id
Nombre
Apellidos
Etc...
---
Tabla examen
Id
Id_usuario
Fecha
Nota_global
Nota_historia
Nota_matematicas
Etc..
---
Tabla preguntas
Id
Enunciado
Categoría
Puntos
Respuesta1
Respuesta
Etc...
---
Tabla respuestas
Id
Id_examen
Id_pregunta
Id_usuario
Respuesta
Puntuaje
Etc...
----

[xerifandtomas]

El resto ya es php

Acceso->examen->crear registro en tabla examen y pasar id examen->
Id examen -> parte1: preguntas historia -> extraer preguntas historia de bd y armar el formulario->
Procesar formulario historia->insert tabla respuestas -> update nota historia tabla examen donde id=Id examen->
Parte 2: matemáticas -> extraer preguntas mates y armar form->
Procesar form mates-> insert tabla respuestas ->update nota mates
...
...
...
Fin de examen-> recuperar notas categorías tabla examen-> procesar y obtener nota final->
Update nota final

Algo así podría ser.