Creo que no me estás entendiendo, o no me entero yo bien.
 
Tengo un autenticar.php con el siguiente código, y por lo tanto como bien dices, llamo una única vez a autenticar.php donde genero la sesion.    
Código autenticar.php:
Ver original- session_start(); 
-     session_unset(); 
-   
-     // Validaciones 
-     if(vacio($_POST["usuario"])){ echo "usuario"; die();} 
-     if(vacio($_POST["password"])){ echo "password"; die();} 
-   
-     $host       = "172.23.36.5"; 
-     $puerto     = 389; 
-   
-     $conex=ldap_connect($host,$puerto) or die ("noConexion"); 
-     ldap_set_option($conex, LDAP_OPT_PROTOCOL_VERSION, 3); 
-   
-     if ($conex) { 
-          $r=@ldap_bind($conex, $_POST["usuario"], $_POST["password"]); 
-           
-          if (!$r) die("no_existe"); 
-     } 
-   
-     $_SESSION["conexion"]=$conex; 
-     die("OK"); 
Una vez autenticado, entro en la intranet y voy a una de las secciones de la misma. Lanzo una consulta a LDAP:    
Código consulta.php:
Ver original- session_start(); 
-   
-     $dn = "ou=hosts,dc=empresa,dc=spain,dc=es"; 
-     $filtro="cn=*pro"; 
-   
-     $sr=ldap_search($_SESSION["conexion"], $dn, $filtro); 
-     $info = ldap_get_entries($conex, $sr); 
Esto no me funciona puesto que $_SESSION["conexion"] no me ha guardado correctamente la conexión. Entonces, ¿deberia llamar a autenticar cada vez que quiera acceder a datos de LDAP? 
Gracias por tu paciencia...