claro que lo toma como relativo, ya lo solucione, y es que habia hecho un opendir sobre un path, y recorria el directorio, de hecho mostraba lo que estaba dentro, pero lo tomaba como que estaba en el cwd (current working dorectory o directorio de trabajo actual). asi que chdir :)
 
mi solucion es la siguiente 
 Código PHP:
    // guardamos el directorio de trabajo actual
    $oldcwd = getcwd();
// nos cambiamos al directorio que queremos recorrer
    chdir(C_DIRECTORIO_COSAS);
    // abrir directorio de cosas
    $handler = opendir(getcwd());
    // recorrer directorio de cosas
    while(($file = readdir($handler)) !== false)
    {
        if (!(($file == ".") || ($file == "..")))
        {
            // si $file es un directorio             if(is_dir($file))
            {
                // mostramos
                echo $file . "es directorio :)";                $i++;
            }
        }
    }
    // cerramos el handler
    closedir($handler);
    // volvemos al directorio de trabajo antiguo
    chdir($oldcwd); 
    
  saludos