Te hice una pequeña clase para descomponer la fecha, como lo uses ya es cosa tuya o adaptalo como quieras. Puedes restar individualmente o como quieras, o hacer todo en una funcion dandole las 2 fechas, yo te dejo la idea para descomponer la fecha y ya tu miras para aplicarlo
   Código PHP:
    <?php
class descompone_fecha{    
    function dame_dia($fecha) {
        $dia = substr($fecha, 8, 2);        
        return $dia;
    }
    function dame_mes($fecha) {
        $mes = substr($fecha, 5, 2);
        return $mes;
    }
    function dame_anho($fecha) {
        $anho = substr($fecha, 0, 4);
        return $anho;
    }
    function dame_hora($fecha) {
        $hora = substr($fecha, 11, 2);
        return $hora;
    }
    function dame_minutos($fecha) {
        $minutos = substr($fecha, 14, 2);
        return $minutos;
    }
    function dame_segundos($fecha) {
        $segundos = substr($fecha, 16, 2);
        return $segundos;
    }
}
    $fecha = "2012-09-14 09:00:00";        
    $descompone_fecha = new descompone_fecha();
    $dia = $descompone_fecha->dame_dia($fecha);    
    $mes = $descompone_fecha->dame_mes($fecha);
    $anho = $descompone_fecha->dame_anho($fecha);
    $hora = $descompone_fecha->dame_hora($fecha);
    $minutos = $descompone_fecha->dame_minutos($fecha);
    $segundos = $descompone_fecha->dame_dia($fecha);
    
    echo "Dia $dia <br />";
    echo "Mes $mes <br />";
    echo "Año $anho <br />";
    echo "Hora $hora <br />";
    echo "Minutos $minutos <br />";
    echo "Segundos $segundos <br />";
?>