Tu funcion PHP generará algun echo "algun dato" .. o devolverá algun dato via return en esa función....
 
Bien .. tan solo tienes q usarlo en tu "construcción" de tu javascritp "dinamico": 
Caso q tu función genere un "echo" ... 
 Código PHP:
   
<script languaje="javascript">
var dato='<? llamar_funcion_php() >?;
etc javascript ...
</script>    
  Caso q tu funcion devuleva el "dato" en un return .. 
 Código PHP:
   
<script languaje="javascript">
var dato='<? echo llamar_funcion_php() >?;
etc javascript ...
</script>    
  Date cuenta que PHP se procesa en el servidor .. genera la pagina HTML/javascript q tenga q hacer EN el servidor y lo q se genera se entrega al navegador (cliente) como una página estatica .. Así q cuando se mezcla javascript con PHP se ha de "imaginar" como PHP genera los datos para q al final obtengas tu "javascript" tal cual lo hubieras escrito "a mano" .. 
Un saludo,