Problema con php

[ditin]

Buenas tardes ,
junto con saludarles a todos . ya que me vengo uniendo a esta comunidad
me gustaria saber si me pueden cooperar con un problema que tengo
actualmente.. les cuento :

Tengo un sistema que genera PDF's con detalles de ventas , productos , vendores , etc .. las cuales a veces contienen una cantidad exagerada de datos .. el problema sucita es que aveces al generar el PDF ( con la clase HTML2PDF por cierto) el PHP arroja un error "INTERNAL ERROR SERVER 500" .."THIS WEBSITE INS TEMPORALLY UNAVAILBLE" . al minuto , dos segundos de funcionamiento .. trate de aumentarle el tiempo limite de ejecucion o incluso asignandole mas memoria
"
ini_set("safe_mode", "off");
set_time_limit(0);
ini_set("max_execution_time", 10000);
ini_set("max_input_time", 1000);
ini_set('memory_limit', '128M');
"

.. pero nada lo soluciona, si me pudieran orientar se los agradeceria mucho ..
de antemano muchas gracias

[repara2]

Si trabajas con DB haz de comprobar también el timeout y max_connetion_time. El fallo no tiene porqué ser sólo de PHP.
Muchas veces las consultas largas o mal hechas generan un error 2006 de MySQL.
A ver si puedes poner un poco más de configuración, saludos