Hola veo que no me he explicado muy bien.
 
Para que entiendan lo que quiero hacer he creado algo de codigo se lo pongo a continuacion. 
pruebanuevo.php 
 Código PHP:
   
        <div class="div_cuerpo_contenido">
        
            <!-- recuperación datos de clientes -->
            <div class="div_datos_clientes">
                    
                <!-- formulario para dar de alta clientes -->
                <form name="pruebanuevo" action="./../panel/pruebanuevo.php" method="post">
                    
                    <div class="div_titulos_cliente">
                        Cuantas Veces:
                    </div>
                        
                    <div class="div_datos_cliente">
                        <input name="cuantas" type="text"/>
                      </div>
                    
                    <div class="div_titulos_cliente">
                        Nº Factura:
                    </div>
                        
                    <div class="div_datos_cliente">
                        <input name="nfactura" type="text"/>
                      </div>
                    
                    <div class="div_alta_cliente_boton">
                        <input type="submit" value="Cuantas Veces" />
                    </div>
               </form>
                    
                
                
                
                <?php
                if(isset($_POST["cuantas"])){
                    $cuantas=$_POST["cuantas"];
                    $nfactura=$_POST["nfactura"];
                    
                    echo "<p>Lineas cuerpo de documento= $cuantas</p>";
                    echo "<p>Número de factura= $nfactura</p>";
                    
                ?>
                
                <!-- formulario para dar de alta clientes -->
                <form name="pruebanuevo" action="./../panel/pruebanuevo2.php" method="post">
                
                    <?php
                        $cuenta=1;
                        
                        while($cuenta<=$cuantas){
                            
                    ?>
                    
                    
                    <div class="div_titulos_cliente">
                        Nombre:
                    </div>
                        
                    <div class="div_datos_cliente">
                        <input name="nombre" type="text"/>
                      </div>
                    
                    <?php
                            $cuenta++;
                        }
                    ?>
 
                    
                    <div class="div_alta_cliente_boton">
                        <input type="hidden" name="cuantas" value="<?php echo $cuantas; ?>" />
                        <input type="hidden" name="nfactura" value="<?php echo $nfactura; ?>" />
                        <input type="submit" value="Dar de alta" />
                    </div>
                </form>
                
                <?php
                    }
                 ?>
                
 
            </div>   
  La página que recoge los datos y los agrega a la base de datos es la siguiente 
pruebanuevo2.php 
 Código PHP:
    <?php session_start();
 
    if (empty ($_SESSION["validado"])){
        header ("location:./../index.php");
        
        }else{
            if($_SESSION["validado"]==1){
                include_once("./../includes/header.php");
                
                //recoger los datos que llegan por $_POST
                $cuantas=$_POST["cuantas"];
                $nfactura=$_POST["nfactura"];
                $nombre=$_POST["nombre"];
                
                //agregar numero de veces y nombre de usuario
                $sql="INSERT INTO prueba (cuantas, nfactura ,nombre) values ('$cuantas', '$nfactura', '$nombre')";
                $r=mysql_query($sql, $link);
 
                header("location:./../panel/pruebanuevo.php?error=Correcto");
                
                }else{
                    header("location:./../panel/pruebanuevo.php?error=fallo");
                    }
        }
 
?>    
  El problema es el que comentaba anteriormente que de todos los datos introducidos en el formulario solo me guarda en la BBDD la última linea del formulario. 
Ejemplo: 
Cuantas lineas: 3
Número de Factura: 389 
Linea1: Carlos
Linea2: Juan
Linea3: Manolo 
En la BBDD solo me guarda el número de lineas, el número de la factura y la linea3 
Alquien me puede decir que estoy planteando mal? 
Me imagino que el formulario solo me envia la última linea. 
Gracias una vez más.