Te puedo dar un codigo PHP que sirve para esto....consta de dos archivos..
 
1) ads.php  
 Código PHP:
    <? 
$numbanners = 2; 
$random = rand(1,$numbanners);
$img = array();
$url = array();
$alt = array();
$url_end = array();
$swf = array();
 
$img[1] = "<img src='IMAGEN 1' border='0'>";
$url[1] = "<a target='_blank' href='ENLACE DE LA IMAGEN 1' title=' TITLE DE LA IMAGEN 1'>";
$url_end[1] = "</a>";
$swf[1] = "SWF 1";
}
 
$img[2] = "<img src='IMAGEN 2' border='0'>";
$url[2] = "<a target='_blank' href='ENLACE DE LA IMAGEN 2' title='TITLE DE LA IMAGEN 2 '>";
$url_end[2] = "</a>";
$swf[2] = "SWF 2";
}
?>    
  2) index.php o el archivo donde quieras que se muetren los banners.  
 Código PHP:
    <? 
include('ads.php');
echo "$url[$random] $swf[$random] $img[$random] $url_end[$random]";
?>    
  EL script es muyy simple, asegurate que la variable $numbanners en el archivo "ads.php" y colocar la cantidad de banner exacta que vas a colcay para agregar los banner tienes que conservar la estructura basica..  
 Código PHP:
    $img[x] = "<img src='IMAGEN' border='0'>";
$url[x] = "<a target='_blank' href='ENLACE DE LA IMAGEN' title=' TITLE DE LA IMAGEN'>";
$url_end[x] = "</a>";
$swf[x] = "SWF";
} 
    
  La x debe aumentar de acuerdo al número de banners es decir, si el ultimo banner es $img[2], $url[2], $url_end[2], $swf[2] el siguiente sera [3]. 
el valor de la variable $url_end que es "</a>" no te aconsejo que lo cambies si no sabes lo que haces... 
El script lo modifique para que puediera tambien funcionar con SWF es decir, que si vas a gregar un SWF en vez de una imagen, debes colocar  el codigo completo del Objeto es decir todo lo que esta dentro del <object>...........</object> dentro de la variable $swf y dejar la variable de la imagen y la de la url ($img, $url )vacia.... 
Puedes encontrar mas opciones entrando aqui.... 
http://www.webnova.com.ar/codigo-fuente.php?recurso=523 
El codigo original aparece hay... solo que yo lo modifique un poquito...
Si tienes algun problema, hazlo saber... 
Saludos...