Andrecito, exec() lo que hace es ejecuta un comando, si le decis que ejecute php.exe $nombrearchivo, tenes que crear un archivo temporal (esa es una solucion) con tmpfile(), por ejemplo....
http://ar2.php.net/tmpfile
Por otro lado para lo que intentas hacer existe una funcion especifica y es eval(). Ahi te ahorras varios problemas.
http://ar2.php.net/eval
Te advierto tambien que lo que ententas hacer suena suicida, bueno .... a menos que tomes ciertos recaudos como "filtrar" el codigo que viene desde el formulario. Es que de lo contrario, cualquier persona con ganas de hacer daño (y si que las hay) puede meter cosas extrañas y tirarte el sitio.
Mi humilde consejo es que no lo hagas.
Saludos!