si al Thunderbird le agregas la extensión ImportExportTools te permite exportar tus correos como archivos independientes (Html, texto, eml), con esto ya puedes tener una copia en tu disco duro y otra en un medio externo (disco externo, pendrive USB, CD / DVD, otro medio), importar tus correos desde OE también es fácil, podrías manejar tus correos como cuentas separadas, esto es cada cuenta con su propias bandejas (entrada, enviados, papelera, etc) o en una bandeja única, soporta Gmail, Hotmail, Yahoo, otros, cosa que te animes a probarlo