Vaya eso del Partition Magic con troyanos es nuevo para mi, nunca he leido algo por el estilo, pero bueno si lo bajas de download.com pues sera una versión de prueba, tal vez por eso si tenga los troyanos que mencionan. Yo lo he usado desde la versión 6 a la 8 y nunca he tenido problemas al hacer, rehacer, redimencionar y desplazar particiones en mi disco duro.
Si realmente tienes ganas de usar Linux te recomiendo que te bajes el Partition Magic 8 en español, y pongas tus particiones más o menos asi:
Cita: C:\> para Windows, D:\> para tus archivos y E:\>tu cd rom luego creas las particiones para Linux que ya han mencionado
Así tengo mis particiones y si se descompone el win(que raro verdad¿?¿?) pues lo reinstalo formateando la partición C:\> y no pasa nada pues mis archivos los tengo en D:\>
Bueno ojala sirva de algo