Wenas, el sistema que trae el Windows se trata de lo siguiente:
te vas a mi pc, entras en la unidad principal (normalmente C:), aora, en el menu de herramientas, opciones de carpeta,en la pestaña ver,vajas la lista que aparece astal final onde pone ocultar archivos protejidos por el sistema, y tb pones la opcion en esa misma lista que mostrar archivos ocultos, que esta la 2ª o asi por el principio.
Das aceptar y te aparecen unos archivos.
Buscas uno que se llame boot.ini, le das boton derecho, y kitas solo lectura.
lo abres, y tieens ante ti al gestor de arrnque de windows.Alli encuentras las particiones que tienes exas, en el orden que aparecen en el gestor al iniciar la compu. si lo que quieres es que no salga la entrada de Linux simplemente la borras, guardas, y vuelver a poner ocultar archivos del sistema y no mostrar archivos ocultos y listo.