Bueno, haber si esto te ayuda, me imagino que ya hiciste un buckup de toda la información de tu disco así que vams para adelante.
Como tu quieres instalar un sistema operativo antiguo, y veo que no lo puedes hacer booteando desde el cd del windos 200, necesitas un disco de inicio, que lo puedes descargar acá
http://www.seguridadpc.net/discos_de_inicio.htm
Esto lo debes copiar en diskettes, y en el boot colocar que el primer boot sea desde la unidad del fdiskette. Una ves que hayas logrado esto, inicia tu maquina con el diskette coplocado y cuando te salgan las opciones ponle en sin compatibilidad con cd rom, luego escribes Format c:/q y cuando termine de formatear, reinicias y le pones con compatibilidad con cd rom, colocando el cd en tu lector.
Luego te debe salir c:\, que es el inicio en tu unidad principal. De ahí colocas la letra de tu lector, por ejemplo E: y le das al enter
de ahí, colocas el nombre de tu dc, ejem, win 2000 o como se llame para ingresar al cd y le das a enter
y así vas escribiento las rutas en tu cd, hasta llegar a la carpeta donde está el instalador y escribes el nombre del instalador (instalar, setup, etc) y le das enter y ya te debería comenzar la instalación de tu windows 2000. Asegurate de revisar en otra maquina todas las carpetas de tu cd, hasta donde se encuentra el instalador.
Espero te ayude
Suerte