OK, a como te lo puse antes, tenes 2 opciones.  La más fácil es que borres definitivamente el boot.ini, inicies luego con un diskette de win98 y ejecutes 
SYS C: para que te pase el sistema y listo. 
El contenido del boot.ini que estas poniendo no lo veo lógico o lo copiaste mal.  Te voy a poner uno de ejemplo de un XP Home y un 2000. 
[boot loader] 
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOW  S
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Micro  soft Windows XP Home 
Edition" /fastdetect 
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)\WINNT="Windows 2000 Professional" /
fastdetect 
Ahora vamos a dejar solo 2000 y cambiar el tiempo de inicio a 10 segundos
[boot loader] 
timeout=10 default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)\WINNT 
Como podes ver, no es necesario ponerle la etiqueta "Windows 2000 Professional" ya que solo vamos a iniciar con 2000 y como el directorio del SO en 2000 es WINNT, sabe donde localizarlo.  Si lo hubieramos hecho con XP Home, en ves de WINNT se pondría WINDOWS.  Otro punto importante es señalar la partición donde se encuentra el SO el 2000 esta en 
partition(2), o sea, la partición 2, el XP está en la partición 1.  Todo es un juego de conceptos. 
Encontré una página que explica MUY CLARAMENTE estos puntos.  Está en inglés pero si te basas solo en los ejemplos, vas a comprenderlo.  
Customize Multiboot Startup Options