Hola, ya lo resolvi.  Por si a alguien le sirve dejare el codigo por aca.
 
Lo que hice fue hacer un List al directorio, almacenar el resultado en un datatable y luego filtre ese datatable.  Simple a fin de cuentas.  
 Código PHP:
     Private Function GP_Descargar_Directorio(ByVal archivo As String, ByVal ruta As String, ByVal User As String, ByVal pass As String) As String
        Dim tabla As New DataTable
        Dim tbl As New DataTable
        Dim fila As DataRow
        Dim columna As DataColumn
        Dim f() As DataRow
        Dim filtro As String
 
        Dim indice As Integer = 0
        Dim ftp As FtpWebRequest = CType(FtpWebRequest.Create(ruta), FtpWebRequest)
        Dim cred As New NetworkCredential(User, pass)
        ftp.Credentials = cred
        ftp.KeepAlive = False
        ftp.AuthenticationLevel = Security.AuthenticationLevel.MutualAuthRequested
        ftp.Method = WebRequestMethods.Ftp.ListDirectoryDetails
        'ftp.Method = WebRequestMethods.Ftp.
        'ftp.Proxy = Nothing
        Dim ftpresp As FtpWebResponse = DirectCast(ftp.GetResponse, FtpWebResponse)
 
        'Creamos la estructura de la tabla
        columna = New DataColumn("archivo", Type.GetType("System.String"))
        tabla.Columns.Add(columna)
 
        Dim sreader As New IO.StreamReader(ftpresp.GetResponseStream)
        Ddl_archivos.Items.Clear()
        While Not sreader.Peek = -1
            Dim ftpList As String() = sreader.ReadLine.Split(" ")
            Dim ftpfile As String = ftpList(ftpList.GetUpperBound(0))
 
            fila = tabla.NewRow
            fila.Item("archivo") = ftpfile.ToString
 
            tabla.Rows.Add(fila)
 
            Ddl_archivos.Items.Insert(indice, New ListItem(ftpfile.ToString, ftpfile.ToString))
            indice += 1
        End While
 
        filtro = "archivo like '" & archivo & "%"
        f = tabla.Select(filtro)
 
        tbl = tabla.Clone
        For Each dr As DataRow In f
            tbl.ImportRow(dr)
        Next
 
        Ddl_archivos.DataTextField = "archivo"
        Ddl_archivos.DataValueField = "archivo"
 
        Ddl_archivos.DataSource = tbl
        Ddl_archivos.DataBind()
 
        ftpresp.Close()
 
        Return Ddl_archivos.SelectedItem.Text
 
    End Function 
    
  Saludos a todos.