Podés usar lo siguiente con JavaScript
 
Primero el código de la página de marcos:  
Código:
 <html>
<head>
	<title>Cargar 2 marcos con un link.</title>
</head>
<frameset cols="150,*">
 <frame name="marcoconlink" src="izquierda.html" marginwidth="0" marginheight="0" scrolling="no" frameborder="1" noresize>
 <frameset rows="100,*">
  <frame name="marcouno" src="derecha-arriba.html" marginwidth="0" marginheight="0" scrolling="no" frameborder="1" noresize>
  <frame name="marcodos" src="derecha-abajo.html" marginwidth="0" marginheight="0" scrolling="no" frameborder="1" noresize>
 </frameset>
</frameset>
</html>
  Luego, en el marco izquierdo (izquierda.html), construyes el link como sigue:  
Código:
 
<a href="#" onClick="parent.marcouno.location='http://www.yahoo.com'; parent.marcodos.location='http://www.altavista.com';">
Cargar dos marcos</a>
  suerte