Hola burningman
Ante todo, las cosas por su nombre. No hablamos (ni vamos a hablar) de encriptar URLs. 
Lo que tu caso expone es (y así lo entiendo) que tanto http://www.sgrfisioterapia.com/index.html como http://www.sgrfisioterapia.com/ muestran el mismo contenido y por lo tanto, de cara a los motores de búsqueda es contenido duplicado. 
En tu caso, debieras editar el archivo .htaccess  y agregar lo siguiente:   
Código txt:
Ver original- RewriteEngine on
 
- Options +FollowSymLinks
 
- RewriteCond %{THE_REQUEST} ^.*/index\.html
 
- RewriteRule ^(.*)index.html$ http://www.sgrfisioterapia.com/$1 [R=301,L] 
@Ryo lamentablemente no entiendo lo que querés decir 
