Puedes programar un script batch de línea de comandos. Un posible ejemplo:
Archivo subir.tpl   
Código dos:
Ver originalopen misitioftp.com
usuario
password
mput C:\loquequierosubir\*.*
bye
  
Archivo subir.bat (realiza la subida según los parámetros indicados en el archivo subir.tpl)   
Archivo bajar.tpl   
Código dos:
Ver originalopen misitioftp.com
usuario
password
lcd C:\backup
mget *
bye
  
Archivo subir.bat (realiza la descarga según los parámetros indicados en el archivo bajar.tpl)   
Los archivos que ejecutará la persona serán subir.bat y bajar.bat, ya sea directamente o mediante un acceso directo. Tener en cuenta indicar los directorios, subdirectorios y archivos en cada archivo de configuración o plantilla. 
Obtener más información:
O con otros clientes FTP que permitan programar estas tareas (ya sea configurándolo todo mediante una interfaz gráfica o mediante línea de comandos): 
WinSCP (
http://winscp.net/eng/docs/scripting) 
FileZilla (
http://wiki.filezilla-project.org/Co...37;28Client%29) 
AutoFTP 
O programas de backup, como por ejemplo 
Cobian Backup 
En todos ellos también es posible programar tareas (mediante su gestor interno o el programador de tareas de windows) para no necesitar intervención del usuario, en caso de que esta opción sea adecuada para el fin con el que se va a usar.