Cita:  
					Iniciado por carota 
  Lo resolvi de la siguiente forma viendo un programa de otro foro:
Si bien no entiendo todo lo que hace despues, pongo por un lado como anda y por otro todo el resto de los comandos que ejecuta ese programita para ver que hace.
 
CON ESTO ANDA IMPECABLE !!    EN LUGAR DE PONER bash -c  HAY QUE PONER SOLO SH !!
 
   String[] command = {"sh","-c","rm *.txt"};
   final Process process = Runtime.getRuntime().exec(command);
 
DE ACA FUE DONDE SAQUE SOLO ESE CODIGO, PERO NO ENTIENDO BIEN QUE HACE.
 
import java.io.*;
 
public class carota
{    
    public static void main(String[] args)
    {
        try
        {
            String[] command = {"sh","-c","bzip2 -dc *.tar.bz2 | tar -x"};
            final Process process = Runtime.getRuntime().exec(command);
            new Thread()
            {
                public void run()
                {
                    try{
                        InputStream is = process.getInputStream();
                        byte[] buffer = new byte[1024];
                        for(int count = 0; (count = is.read(buffer)) >= 0;)
                        {
                            System.out.write(buffer, 0, count);
                        }
                    }
                    catch(Exception e)
                    {
                        e.printStackTrace();
                    }
                }
            }.start();
            new Thread()
            {
                public void run()
                {
                    try{
                        InputStream is = process.getErrorStream();
                        byte[] buffer = new byte[1024];
                        for(int count = 0; (count = is.read(buffer)) >= 0;)
                        {
                            System.err.write(buffer, 0, count);
                        }
                    }
                    catch(Exception e)
                    {
                        e.printStackTrace();
                    }
                }
            }.start();
 
            int returnCode = process.waitFor();
            System.out.println("Return code = " + returnCode);
        }
        catch (Exception e)
        {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}
     
Hola,
Lo que hace ese comando es en lugar de utilizar la shell bash del sistema operativo, emplea la shell sh, son shells diferentes y puede que por algún motivo te resulte más utili emplear una u otra shell, hay más de ellas y cada una tiene sus utilidades.
No obstante si me gustaría comentar que sería mas conveniente utilizar las funciones y librerias propias de java para tratamiento de ficheros ya que es mucho mas eficaz y rapido por un lado y desligas el software que estas desarrollando de la plataforma en la que lo corras.
Un saludo.