Bueno, ya lo logre hacer.
No era cosa de apache, era mas de programación.
Se tenia que crear unos patrones para poder saber a que variable correspondia el valor en la url.
En el ejemplo que puse al principio, es decir  
Código:
 http://midominio.com/productos?featured][0]=popular&featured[1]=free&type[0]=professional&type[1]=design
  tenia que hacer un patron parecido a 
Código:
 /productos/featured/<featured1>/<featured2>/type/<type1>/<type2>
/productos/featured/<featured1>/type/<type1>/<type2>
/productos/type/<type1>/<type2>
/productos/featured/<featured1>/<featured2>/type/<type1>
/productos/featured/<featured1>/type/<type1>
/productos/type/<type1>
/productos/featured/<featured1>/<featured2>
/productos/featured/<featured1>
  y podria usar las urls como estas 
Código:
 http://midominio.com/productos/featured/popular/free/type/professional/design
http://midominio.com/productos/featured/popular/type/professional/design
http://midominio.com/productos/type/professional/design
http://midominio.com/productos/featured/popular/free/type/professional
http://midominio.com/productos/featured/popular/type/professional
http://midominio.com/productos/type/professional
http://midominio.com/productos/featured/popular/free
http://midominio.com/productos/featured/popular