Es raro del todo ya que puse contadores de tiempo cada cierta parte del codigo hasta buscar las lineas donde se demora mas y una es un select super chica que se puede demorar como 3 segundos, pero  en otros scripts hace selec hasta mas largos y se demora menos, 
 
pero el tema es que el desarrollador lo que hice fue crear un archivo php que se llama Configuracion.php con la direccion de todas las clases  por ejemplo asi   
 Código PHP:
    // Aqui comienzan los includes de las clases y las funciones
include(DIR."class/Conexion.class.php");
include(DIR."class/ConexionCR.class.php");
include(DIR."class/ConexionSQL.class.php");
include(DIR."class/ConexionSQL_SL.class.php");
include(DIR."class/ConexionEuropa.class.php");
include(DIR."class/ConexionReportes.class.php");
include(DIR."class/Usuario.class.php");
include(DIR."class/Noticia.class.php");
include(DIR."class/DBNoticia.class.php");
include(DIR."class/DBUsuario.class.php"); 
    
  (obvio tieme mas lineas )
y el archivo scripts la invoca asi llama asi 
 include_once("../class/Configuracion.php"); 
luego esta esto  
 Código PHP:
    $Aux2 = new DBUsuario();
 
$tiempo_fin = microtime(true);
echo "Tiempo empleado: 3 " . ($tiempo_fin - $tiempo_inicio); 
echo "<hr>";
 
$idusuario = $Aux2->UsuarioId($elusuario,$centroar); //3 
 
 echo memory_get_usage() ."   ";
$tiempo_fin = microtime(true);
echo "Tiempo empleado: 4 1  " . ($tiempo_fin - $tiempo_UsuarioId1); 
echo "<hr>"; 
    
  le puse esso timer y aveces tengo diferencias de 3 a 7 segundos =/!!!