Eso puede significar que la PK ha sido mal elegida.
En general una PK no tiene necesariamente que ser numérica ni incremental. Bien puede estar definida por otros campos (tengo algunas que usan 4 campos para ello).
Habitualmente los que arman el modelo usan numéricas y autoincremenales por simple
comodidad y no por necesidad.
En tu caso hay al menos dos formas de solucionarlo:
1) Definir una CC que pueda ser usada al momento de la integración, lo que implicaría que el esquema consolidado sería levemente diferente.
2) Usar una PK que de alguna forma sea irrepetible, como es el caso de la función
UUID(), la cual, según el manual:
Cita: Retorna un Universal Unique Identifier (UUID) (Identificador Único Universal) generado según la “DCE 1.1: Remote Procedure Call” (Apéndice A) CAE (Common Applications Environment) Especificaciones publicadas por The Open Group en Octubre 1997 (Número de Documento C706).
Se designa un UUID como número que es único globalmente en espacio y tiempo. Dos llamadas a UUID() generan dos valores distintos, incluso si estas llamadas se realizan en dos máquinas separadas y no están conectadas entre ellas.
Un UUID es un número de 128 bits representado por una cadena de cinco números hexadecimales en formato aaaaaaaa-bbbb-cccc-dddd-eeeeeeeeeeee:
Aunque es aleatorio, MySQL tiene algunas limitaciones con él, que se pueden ver en:
12.9.4. Funciones varias
Personalmente, me quedaría con la primera opción, porque es más ortodoxa.