Lo que en reaalidad te conviene es un libro sobre fundamentos de las bases de datos. No tanto uno orientado a Web o no, porque el verdadero problema no es la comunicación con la BBDD en la web (eso es un problema de conectores y de programación), sino la optimización de las bases de datos y las consultas. Y eso no se aprende con tutoriales.
En esencia, hay que conocer los fundamentos de las bases de datos, las formas de crear consultas y su optimización, y el desarrollo de bases de datos normalizadas. Esas cosas son independientes de los motores de bases de datos que uses.
Los RDBMS te dan herramientas para lograr esas cosas, algunos más potentes que otros, pero los principios generales son universales a todos, y es allí donde tropieza la mayoría de los que se meten en este asunto. De allí mi consejo.
Por un lado si quieres algo muy bueno y bastante detallado, te recomendaría
"Fundamentos de las Bases de Datos", de Kort. Trae conocimientos profundos pero muy bien explicados, y Kort es uno de los pilares del desarrollo de los RDBMS.
Luego de eso, casi todo los detalles los puedes consultar en el manual de referencia de MySQL:
MySQL AB MySQL 5.0 Reference Manual.
Esta en castellano (español, le dicen ahora), y si has visto los fundamentos del diseño de BBDD, lo verás bastante sencillo.
Como todo, requiere paciencia remitirse a los fundamentos, pero (repito) esos fundamentos es en donde comienzan los tropiezos.
