Si estas usando campos auto_increment, NO podes jugar con la secuencia ya que el manejador de BD administra dicha secuencia. Por ejemplo, si tenes 20 tuplas, tu campo auto_increment va a estar en 20 (tomando en cuenta que no has borrado nada) pero si borras todos los campos o algunos para luego agregar más, la secuencia va a continuar a 21, 22 etc.
Por eso es que estas viendo esos "huecos". Si queres tener el control total de la secuencia, declara el campo numérico y asignale la secuencia manual.
Si queres reiniciar el campo auto_increment, debes usar la siguiente sentencia:
Código PHP:
ALTER TABLE tabla_con_auto_increment AUTO_INCREMENT = 100
iniciaría con 100
Código PHP:
ALTER TABLE tabla_con_auto_increment AUTO_INCREMENT = 1
iniciaría en 1
También ES MUY IMPORTANTE averiguar en la web del producto. En este caso MySQL para aclarar tus dudas. Ahí estan todas las referencias del producto bien explicadas.
3.6.9. Using AUTO_INCREMENT