Saludos  a   todos.
 
Yo  discreparia  con   los   consejos  que   te  dio  
ELJavista claro   sin el afan de  demeritar  lo   dicho  por   
ELJavista ni  considerarlo  incorrecto, simplemente  desde  mi  muy   particular  punto  de   vista  y  experiencia, tomar como criterio base el tiempo  en  que  te  demoras en hacer un  trabajo y  si  la  empresa  es   chica  le  cobras  menos y  si es   grande le  puedes  cobrar   mas, no   es  lo  mas  justo, ni   para  uno  como  prestador   del  servicio ni    para  el  cliente. 
El  tiempo de desarrollo es  relativo,  es  decir   un  mismo  proyecto puede  ser   desarrollado en   diferentes  tiempos  por  dos prestadores   del servicio: 
un profesional  bien   organizado,  con  buena   tecnica  de  programación y  capacidad  de  analisis,   puede  realizar  el  proyecto  en  mucho  menos   tiempo  y cobrar  un poco menos pero  ganar  mas.  que  el  que  va  a  durar  mas  tiempo cobrando  mas. 
En  cuanto  a  cobrar  menos   a  una  empresa   pequeña  y  mas  a  una  grande  por  el  simple  hecho  de   ser   pequeña  u   grande  segun  sea  el  caso,   tampo   lo   recomendaria.  Primero   por  que  no   es  justo  para  ti   abaratar  tu  trabajo   por  el  solo  hecho  de  que  la  empresa   es  pequeña, y  segundo   por  que   igual   no es  justo  para   la  empresa   grande que  cobres  mas  por el  simple  hecho   de  que   tienen  mas  dinero. 
Yo  particularmente   te  recomendaria, partiendo   del  hecho  de  que  un  prespuesto  justo,  es  aquel  que  tanto   va a  beneficiar   al  cliente   como  al   prestador  del  servicio,lo siguiente: 
1.- Antes   de   realizar el  presupuesto, si   tu  cliente  es  Local,  pidele  que te permita un  dia  o  unas   horas  para  ver  directamente   el  funcionamiento   de  su  negocio, si  no  es  posible  de  forma  presencial, pidele  que  te  explique  lo  mas  posible  sobre   el  negocio, planes futuros, etc,  lo mas  posible   de información  que puedas  obtener   del  negocio  y  las  expectivas  del  mismo   a  futuro.
Esto   incluso  si solo  te  estan  pidiendo  una  simple  pagina  informativa. muuuy  comunes en  este  medio

 pero   que no van   a generar  mayor rendimento  al negocio mas que posible  mente  el  elevado  numero  de  visitas el  dia  de  su  inaguracion  y  visitas  que no  volveran cuando menos en mucho  tiempo. 
(Esto  te va  a  llevar  tiempo  adicional   que  yo  personalmene  no  lo  cobro  al  cliente  ) 
en  este  punto  lo  que en  terminos  generales  se  trata  es de  identificar y  tener  claras  dos  cosas: 
   a)  que persigue el cliente con  el  servicio  que  nos esta  solicitando,  cual  es  el  objetivo   o  que ventajas  espera  obtener  con  tener  el  sitio: 
Mayores   ventas. mas  solicitudes de información, ahorrar  costos en  algun   rubro etc... 
   b) tener  un  parametro de  medicion cuantitativo apartir  del  cual   podemos   demostrarle  a nuestro  cliente el  rendimiento   que  le significará  que  seamos  nosotros   quienes le  prestemos el  servicio. 
2.-   El  98%  de los  clientes hacen solicitudes  de  servicio  de   desarrollo   pidiendo algo  especifico y   sin  tener   claramente definido su objetivo, parametro  de   rendimiento o  ventaja  para el  negocio (  basado en  mi  historial laboral solamente, nada  que  ver  con   estadistas nacionales ni  nada  parecido 

 puedo esta  equibocado), por  lo  que  una  buena  estrategia  es que  incies  el  presupuesto con   un  pequeño   resumen no  muy  detallado del negocio, plantea las  ventajas de la  solicitud del  servicio y generaliza  segun  tu  analisis las mejoras que  puedes  hacer a la  solicitud y como pueden  ser  medidas cuantitativamente.  
En el cuerpo  del  presupuesto ya   describirias  en  general (no  en  detalle) las caracteristicas  del  servicio dividido en  dos  rubros. 
       a)  Presupuesto  del   servicio  solicitado
       b)  Presupuesto  del  servicio propuesto  (el  mismo  que el  anterior  pero  mejorado)
 
  
Ahora  el  dilema  de  siempre  

    Como  calcular  los  precios
 
  
dos  ejemplos  de  como  lo  hago: 
Ejemplo  1.-  
   cuando el  proyecto   que  es  aceptado es estrictamente   el  que  solicito  el  cliente,  sin   seguimiento  cuantitativo 
   10  salarios minimo X dia  (asumiendo  que  dia  es una   jornada  laboral PRODUCTIVA cuando menos  de  8  horas) 
creo   que  en  todos  los  paises   se  maneja este indicador.    
Ejemplo  2.
              Cuando   el  presupuesto  autorizado  es  el   que  nosotros  propusimos   y hay  una  base  cuantitativa  para medir  el beneficio al  cliente. 
En  mi muy   caso  particular   solo  cobro la  parte   inicial  solicitada  por  el  cliente.  
Por la  parte  y  opciones  que implican  la  mejora  propuesta y  que puede  ser  medida, establecemos  un  contrato   por  un  determinado   tiempo sobre  el   cual el cliente pagara  un  porcentaje estimado   previamente  del beneficio  obtenido  con  la  adicion  de  la  propuesta. 
un  ejemplo  general. 
                    Una  pasteleria  solicito el  desarrollo  de  un   sitio  meramente  informativo, las  secciones  comunes: "nosotros, productos, preguntas frecuentes,  contacto.  
a  el  dueño  solo  le  interesaba  estar  el  linea  por que esa es  la  tendencia  en  estos   dias.   el  negocio   ya  contaba   con  entregas  a domicilio   y  tenia   4  sucusales  en  la  ciudad  y   dos  en  municipios  cercanos.  
dentro  del  presupuesto le  sugerimos la  inclusion  de el  pedido  en  linea. 
Para  no   hacer  muy larga  la  historia,  la forma  en  que  pudimos  convencer  al  cliente  fue, no  cobrandole por   la adicion  de los  modulos  del proceso de    la venta  en  linea.  Pero  logramos  un  5% porciento  de  las  ventas en  linea por  año y  medio, por  el  trabajo  de  7  dias  adicionales, de  trabajo.   
bueno   creo  que ya  me  extendi mucho y  bueno  es  solo  un comentario mas   que  tienes   para  considerar, desafortunadamente  esto  de  los   precios   en  el  desarrollo  web  seguira siendo   muy  subjetivo.  
aqui  tiene   un  modelo   de  contrato  que  seguro   te  servira  por  si aun  no  lo   has   visto. 
http://www.forosdelweb.com/f83/modelo-contrato-desarrollo-web-502074 
Saludos a   todos.