Hola,
 
Para encriptar contraseñas existen varias funciones en php. La que más suele usarse es 
md5. 
Ejemplo:   
 Código PHP:
    $password = "123456";
 
$pass_crypt = md5($password); 
    
  Ésto te devolverá una cadena de caracteres del tipo: 52b1i93c5f32167se2241d2. Recuerda que si la introduces en la base de datos ya encriptada, debes también compararla con md5:  
 Código PHP:
    $password = "52b1i93c5f32167se2241d2"; // (extraída de la BD)
 
$password_user = "undostres"; // (password tipeado en el campo contraseña). 
    
  Ahora comparamos:  
 Código PHP:
    if(md5($password_user) == $password){
  die("password ok");
} 
    
  
También puedes mirar la documentación en http://es.php.net/md5