[Nok]

Hola, (tardisimo pero seguro);
La manera que utilizo yo, es trabajar con una estructura similar como lo que sigue:
/imagenes
/templates
/index.php

Donde imagenes y templates son directorios donde contienen las imagenes y las plantillas correspondientemente, y los scripts php se almacenan en el root, de esta manera podras mantener ambos proyectos, diseño y programacion separados pero juntos :)

Saludos
Nok