Saludos juangogu.
Yo no sé mucho de esto, pero he estado leyendo un poco acerca de capas. Puedes probar lo siguiente a ver si funciona (no aseguro nada)
:
Pones tu menú en una capa y tu Flash en otra y entonces la que lleva el menú, la sitúas, como bien lo dijo Bandit, en un nivel superior a la de tu *.swf y si tienes tiempo disponible, te recomendaría que hicieras pruebas sencillas con páginas en blanco.. sólo un fondo simple, un menú de ese estilo y tu *.swf ya que a veces por razones extrañas la lógica está bien y en teoría debería funcionar pero por desgracia no pasa como lo esperamos (experiencia propia con JavaScript, C++)
Espero que mi post haya servido de algo. Nos vemos
PC's Troll